日本首相安倍晉三在會議上強調：日本將在國際社會反恐過程中堅決盡到自己的責任。他還作出指示，要求採取萬全措施，確保國內外日本人的安全。
安倍在首相官邸向媒體記者說，對於為解救後藤提供合作支持的約旦表示感謝。他還明確表示，在與國際社會反恐合作中，將擴大在糧食和醫療等方面的人道主義援助。
在此之前，日本官房長官菅義偉在官邸召開緊急記者會指稱，對於再次實施極為殘忍卑劣的恐怖行為不禁感到更為強烈的憤慨，並再次堅決表示譴責。
日本外相岸田文雄在外務省向媒體記者表示：「實在遺憾。我們以人命第一的方針，與約旦等國攜手合作，動用所有途徑和管道做出了最大的努力。」
伊斯蘭國將後藤健二斬首的影片，是在今天凌晨5時(台灣時間4時)左右被上傳到網路。影片以「給日本政府的訊息」的英語和阿拉伯語文字呈現，穿著橘色衣服、看似為後藤的男子跪在戶外，後方站著持刀、穿黑衣的男子，影片最後出現後藤遭殺害的畫面。