行政院提出修法，現行國立大學校院校務基金設置條例於民國90年12月21日修正發布，迄今已超過10年，修法有利健全國立大學財務會計及稽核制度、提高校務基金使用彈性及重視績效責任、配合學校實務運作精簡國有財產的處理流程、放寬基金運用範圍並強化大學自主能力。
三讀修正通過條文明定，校務基金來源包含政府循預算程序撥款、自籌收入，其中自籌收入包含學雜費、產學合作、投資收益等收入。
為強化校務基金內部控制機制，三讀修正通過條文明定，年度總收入在新台幣20億元以上者，應置隸屬校長的專任稽核人員一人到數人，必要時得設專責稽核單位。
現行法規定，國立大學校務基金可購買公債、國庫券、投資於與校務或研究相關的公司，得以捐贈收入做為投資資金來源；不過，行政院提出修法，認為與「校務相關」不符合實務需求，且各界捐款多已指定項目，若限制學校只能以捐贈收入為投資資本，投資收益有限。
三讀修正通過條文明定，投資於與校務發展或研究相關的公司及企業，除以研究成果或技術作價無償取得股權者外，得以自籌收入為投資資金來源。投資額度上限由教育部訂定。但學雜費收入及其他自籌收入具有特定用途者，不得用做投資。