國民黨發言人陳以信反批賴清德得了「政治健忘症」，因為過去民進黨執政時期，前總統陳水扁未兼任黨主席時期，一樣有部會首長到民進黨中常會報告的前例，賴根本是「一隻指頭指向國民黨，四隻指頭卻指向民進黨」。
民進黨：謝主席未做裁示
民進黨發言人林俊憲對此反擊說，賴清德是點出問題的癥結，新北市長朱立倫「越權指揮」毛內閣，陳保基在中常會報告，朱「還做出裁示」，整件事違背行政倫理。
據了解，民進黨執政時期，為落實黨政同步，無論總統是否兼任黨主席，會視情況需要，黨的中常會邀請政務官列席報告；謝長廷在陳水扁執政初期，以高雄市長身分兼任民進黨主席，但當時謝在常會聽取政務官報告時「並未做出裁示」，這與朱立倫的情況有所不同。
賴清德昨列席院會，是六都中唯一與會首長，而其發言點出執政黨黨政運作的爭議，結果在院會後記者會，有媒體詢問賴清德在會中發言情形，政院發言人孫立群竟不願轉述，還說「賴市長的發言，或許等一下就會在他的臉書PO出來。」有網友酸孫立群，「講了就是打了國民黨的臉，賴神當然被消音！」
賴院會發言 孫立群拒轉述
針對院會上的發言，賴清德在臉書貼文表示，他前天從電視看到農委會陳保基主委在朱立倫主持的第一次國民黨中常會向朱主席敬禮、上台報告禽流感疫情，之後朱主席做了裁示。他擔心這會違背憲政體制，也恐與行政倫理不合，因此在行政院會上發言提醒毛院長注意。
賴提醒毛 朱是否僭越職權
賴清德解釋，在馬總統擔任國民黨主席時，國人或許可以接受以黨輔政，如今馬總統已不擔任主席，部會首長還前往中常會報告，有違憲政體制之嫌。而對於禽流感疫情的處置作為，身為新北市長的朱立倫和其他縣市長相同，要接受農委會的指導與監督，朱立倫雖是國民黨主席，但對陳保基報告後做裁示，是否僭越毛揆的職權而違反行政倫理？
賴強調，他在院會提出此事，是希望未來一年多政務不要空轉、執政不要偏頗。