為了節省經費與社會資源，中選會在2012年首度將總統大選與立委選舉合併舉辦，外界相當關注2016年總統大選與立委選舉是否也將比照上一屆合併舉行。
中選會選務處處長莊國祥22日受訪時表示，中選會已進行民調、網路意見蒐集，並舉辦公聽會，贊成合併辦理的意見居多；中選會也已徵詢各主要政黨的看法，將彙整所有資料，提報委員會討論。
莊國祥說，2月7日將舉辦立委補選投票，2月14日舉行立委蔡正元罷免案投票，中選會在這兩次投票後都會舉行委員會審定投票結果，屆時也將一併討論總統、立委合併選舉的議題，委員會最快2月中旬做出決定。
這屆立委任期至明年1月31日屆滿，明年1月21日前應完成選舉投票；這屆總統任期則到明年5月20日屆滿，明年4月19日前必須完成選舉投票，因此，若兩者合併舉行，總統大選必須配合立委選舉，提前到明年1月。莊國祥表示，反對合併選舉的民眾主要認為如此會導致總統當選到就職的空窗期太久，長達4個月。
莊國祥也指出，委員會在4年前討論總統、立委是否要合併舉辦時，有委員提出不同意見，認為「總統副總統選舉罷免法」與「公職人員選舉罷免法」有兩法不一的地方，像是攜帶手機進入投票所，總統選罷法將處以刑罰，公職人員選罷法則處以行政罰，因此，行政院當時以法規解釋等方式解決這些問題，後來選舉實務上並無出現困難。