三讀修正通過條文明定，中央主管機關得對直接供應飲食場所，就其供應特定食品，要求以中文標示原產地及其他應標示事項；國內通過農產品生產驗證者，應標示可追溯的來源；有中央農業主管機關公告生產系統者，應標示生產系統。應標示可追溯的來源或生產系統規定，自新法修正公布後6個月施行。
衛生福利部食品藥物管理署代理署長姜郁美在法案初審時受訪表示，日前發生重組牛肉事件，朝野立法委員也關心火鍋湯頭原料問題，修法後授權衛福部公告「其他應標示事項」，衛福部會公告重組牛肉、火鍋湯頭都須依法在店內清楚標示。
她說，飲食流行可能隨季變化，如麻辣鍋、豆漿鍋等，未來衛福部可依法即時公告須標示事項。至於農產生產系統標示，如雞蛋來源未來也要標示。
有關第三方驗證，三讀修正通過條文明定經中央主管機關公告類別及規模食品業者，應取得衛生安全管理系統驗證。驗證應由中央主管機關認證的驗證機構辦理。