三讀通過條文明定，電子支付機構的最低實收資本額為新台幣5億元。但僅經營代收代付業務的最低實收資本額為1億元。金融監督管理委員會得視經濟發展情形及實際需要調整最低實收資本額。
三讀通過條文明定，專營的電子支付機構收受每一使用者新台幣及外幣儲值款項，餘額合計不得超過等值5萬元；辦理每一使用者新台幣及外幣電子支付帳戶間款項移轉，每筆不得超過等值5萬元。這兩項額度得由金管會洽商中央銀行依經濟發展情形調整。
三讀通過條文明定，境外機構如果要在我國經營電子支付業務，應依電子支付機構管理條例申請許可設立電子支付機構；且金管會應協助國內電子支付機構發展境外合作業務。
涉及陸資部分，則須符合台灣地區與大陸地區人民關係條例規定。
為了避免支付機構違法未將支付款項交付信託或取得銀行十足履約保證，三讀通過條文明定，電子支付機構應提撥基金，設置清償基金。若電子支付機構因財務困難失去清償能力而違約時，清償基金得以第三人的地位向消費者清償。清償基金提撥比率由金管會訂定。
院會也通過附帶決議，為了強化主管機關對創新的開放態度，以提升我國金融產業在網路時代的競爭力，要求金管會研議在條例通過後每2年，定期審議開放網路金融業務條款的相關子法或施行細節。