針對高鐵營運後續，立法院交通委員會已於12日完成獎參條例接管營運條文修正案一讀，不過，民進黨團卻準備提交協商。對此，國民黨團質疑，民進黨是不是要幫特定的原始股東護航。
立法院院會原訂今(16)天下午將攸關政府接管高鐵法源的「獎勵民間參與交通建設條例部分條文修正草案」，但民進黨團卻準備提交協商。國民黨政策委員會代理執行長費鴻泰以及交委會國民黨籍立委羅淑蕾中午舉行記者會表示，否決財改案後，當然要趕快修獎參條例，但民進黨卻要求協商、延宕處理。國民黨團質疑，民進黨是不是要護航原始五大股東？是不是要幫特定女士護航？他說，幾乎可以很武斷地說，民進黨是在保護特定財團。
對於民進黨團疑案將獎參條例交付協商，高鐵局說，修正案尚待院會二、三讀，期盼立法院支持通過獎參條例接管條文修正案，以避免高鐵合約一旦終止情況發生，而接管配套法律卻未完備，造成接管人與董事會雙重指揮系統混淆情形，阻礙接管作業順利進行，影響高鐵營運穩定。
高鐵局說，強制接管營運是因為遇到高鐵營運遭受財務問題或其他經營不善影響而損害旅客大眾乘車權益情形下，政府為維持其運輸服務而不得不採取的公權力作為。接管營運並非收買資產，只是暫時接管民間機構營運權及管理權，用以確保運輸服務不中斷；至於收買資產則須依合約規定，於合約終止後完成鑑價、移轉及價金給付程序。因此，接管營運並不代表政府收買資產，性質完全不同。
高鐵局強調，強制接管營運並非交通部得以任意執行，現行獎參條例第43條已訂有啟動強制接管營運法定要件，即必須民間機構符合規定「經營不善」或「其他重大情事」，經交通部限令其定期改善而不改善或改善無效或情況緊急時，在維持運輸服務之目的內，才可以這麼做。
高鐵局說，按高鐵公司財務狀況，短期內恐有發生興建營運合約及三方契約違約情事之可能，屆時交通部必須依合約規定作出限期改善甚至停止營運處分，為維持高鐵服務不中斷，因此，交通部有依法強制接管營運必要。
本次修正條文係基於法律授權明確性原則，並參考保險法第149條及銀行法第62條之一規定，增訂接管人取得營運權及管理權、民間機構應配合接管人之處置或指揮、股東會及董事會不得妨礙接管營運、增訂董事、監察人或其他人員妨礙接管之罰責、終止接管營運時機、不適用促參法有關強制接管營運規定。