台南市長賴清德日前宣布在司法未釐清台南市議長李全教當選無效之訴前，不會再進入議會，內政部指賴清德違反「地方制度法」的規定。
對此，內政部前部長李鴻源16日接受廣播專訪時表示，司法精神是採「無罪推論」，既然李全教已當選議長，在司法判定李全教是否賄選前，市府就應依法配合議會，他建議賴清德應讓地方制度正常運作，否則此例一開，地方制度恐會癱瘓。他說：『(原音)因為法律有法律的問題，政治問題不宜跟法律問題糾葛在一起。我是覺得台灣沒那麼大，大家私底下去溝通、坐下來調解，其實市政府跟市議會嚴重對立嚴重衝突，其實並不符合台南市民的利益，而且這個例子一開，未來要是大家把這件事情都這樣無限擴大下去，那是不是我們的地方制度就癱瘓。』
此外，朝野近來都拋出要推動「內閣制」，李鴻源認為這是一個很有創意的想法，但重點是要弄清楚內閣制的內容。他指出，由於選區小，現在的立委大多時間都花費在跑婚喪喜慶等選民服務，但若採行內閣制，每個部長都是立委，以目前的狀況，如果認真做好部長，就選不上下屆立委，根本是「政治自殺」。
李鴻源強調，推行內閣制的前提必須先健全文官制度、檢討立委選區範圍及立委人數，若這些問題都沒處理好，內閣制只是空話。