馬紹章今天向中央社表示，想轉換跑道已有一段時間，2014年中便向海峽交流基金會董事長林中森和時任秘書長張顯耀表達離職意願，經慰留才多做半年。
他謙虛地說，自己學識經驗有限，在海基會貢獻不多，加上海基會擁有堅強團隊，兩岸制度化協商也上軌道，才萌生辭意。即使林中森一再慰留，他仍希望半年期滿後卸任，如今確定1月30日離職。
被問及未來規畫，馬紹章沒有多說，僅表示換個工作後將繼續努力。
對於卸任後留下的遺缺由誰接任，馬紹章只表示，人事令公布前不便透露。
馬紹章擁有美國俄亥俄州立大學政治學博士學位，海基會2008年12月宣布由他擔任副秘書長。在此之前，他曾任中國國民黨智庫「國家政策研究基金會」副執行長、陸委會研究委員與行政院經濟建設委員會專門委員，對兩岸與經貿議題著墨甚深。
馬紹章2014年2月升任海基會副董事長，兼副秘書長與發言人原職。在擔任發言人期間，他每週以背景說明會形式和媒體會面，除了公告例行會務，也花不少時間和記者話家常，拉近距離。
馬紹章說，他把記者當朋友，不只是公務往來的對象。這點從他平時愛用通訊軟體LINE和記者交流、培養感情，有些記者即使離開兩岸線也和他保持良好關係，就看得出來。
國民黨2008年執政以來，兩岸關係大幅改善，這些過程馬紹章都看在眼裡。
他說，兩岸能有今天和平穩定發展的局面和成果，非常不易。但展望未來，他認為推進兩岸關係的工作難度將不斷增加，必須要官方民間「多層次」進行，也非常需要雙方相互理解、照顧彼此需要。
馬紹章指出，兩岸關係發展本來就是先易後難，像兩岸貨品貿易協議等議題處理會更加棘手，只有兩岸達到上述目標，和平穩定的關係才能愈走愈穩、愈走愈遠。