應變中心由行政院副院長張善政擔任指揮官，農業委員會主委陳保基、行政院政務委員葉欣誠擔任副指揮官。
因應疫情，行政院發言人孫立群今天說，在疫情控制方面，落實三軸線防疫機制（第一軸線由農委會協同地方政府建立區域聯防機制；第二軸線由農委會會同中央相關機關單位及地方政府組成，並納入專家諮詢機制，就相關政策措施進行決定；第三層級由行政院視疫情發展召集會議），中央與地方密切合作，共同推動防疫工作。
孫立群說，環保署也會督導各地方環保單位，嚴格查察任意棄置斃死禽隻的行為，從嚴、從速處罰，以避免疫情擴散。
產業輔導方面，孫立群表示，政府將同步進行受災養殖業者損失調查工作，由農委會督導地方農政單位儘速成立專責小組，於各受感染場經撲殺完畢之日起1個月內，完成補助撥付及貸款申請事宜。也請農委會調降專案貸款的利率與延長貸款期數，並於1月底前公布，儘可能降低業者損失，儘速重新復養。
孫立群說，民眾健康維護方面，將確保民眾食品安全，嚴防斃死禽類或藥物殘留超標屠體流入市場及汙染飲用水。
物資整備部分，孫立群表示，針對疫情可能發展，充分準備各類防疫物資，並由經濟部、財政部協助緊急防疫物資進口相關事宜。國防部除持續提供消毒作業人力外，必要時並將在確保官兵健康前提下，協助地方政府進行清理工作。
民生經濟方面，孫立群說，行政院消保處及公平會已啟動各類家禽銷售價格的市場調查工作，對於囤積哄抬價格行為，將由法務部各檢察機關依法從嚴從速偵辦。