為了解決高鐵面臨破產的負債，交通部力推「台灣高鐵公司財務問題與解決方案」(以下簡稱高鐵財改案)，但最後在朝野均不支持下破局，前交通部長葉匡時也為此負責請辭下台。對此，第一金控前董事長、會計師張兆順及成功大學會計系暨財務金融所副教授林軒竹在媒體上發表「台灣高鐵公司財務問題與解決方案評析」一文，提供對高鐵財改案的意見與建言，高速鐵路工程局也就此回應。
高鐵局表示，高鐵財改案涉及全民利益、銀行團、高鐵員工、6萬名小股東及政府權益，必須擺脫BOT框架，並以轉換五大股東主導的高鐵公司為全民擁有的高鐵公司為出發點，在符合法律及合約規範下，將所有問題聯立處理，這才是澈底解決問題的正道。針對文章中所提出高鐵財改案的六大爭議，高鐵局如下回應。
第一爭議：適當性
有關「財務改善方案係由台灣高鐵公司現行經營團隊片面提出，該方案未經公正財務專業機構審慎評估，缺乏客觀性與說服力」部分，已委託第三方財務專業機構複評，並出具覆評報告。「該方案未經股東會通過即行提出，如果政府核准後，屆時股東會不同意，將衍生問題」部分，高鐵財改案涉及減資、增資及特許期延長，其中減資、增資是股東會權限，至於延長特許期則是由政府同意。此方案已將雙方各自同意程序列為成就條件。此外，高鐵財改案高鐵公司董事會已經同意，除可解除高鐵公司財務危機，並有助未來長期穩定經營，經高鐵公司評估股東會通過可能性高。
第二爭議：急迫性
「高鐡公司只要解凍銀行專戶中的受限制資產439億元，即可解決本項可能發生的缺口」一事，已有多次說明，高鐵公司目前欠銀行團約3619億元，其中3083億元由政府負責擔保，計畫專戶是銀行團用來保障3083億元以外債權所設。在沒有高鐵財改案下，依照「先還債再還股」的清償順序，政府收買時，收買價金在清償銀行欠款之後，按照目前估計，所有股東(包括特別股)是一毛都拿不到。政府若要求銀行團同意高鐵公司動用計畫專戶資金解決特別股問題，將影響銀行團自身債權分配順位，等同犧牲自己權益而圖利特別股股東的行為。
第三爭議：延長特許營運期間40年的利益
文中所提「8000億元來自營業活動的淨現金流入」，並非高鐵公司的獲利，應從會計專業瞭解高鐵公司現金運用，並非只有所稱「來自營業活動的淨現金流入」，還有「投資活動」及「籌資活動」淨現金流出都必須納入計算。也就是說，高鐵公司未來除增購車輛、汰換機電系統，以及新增四站興建工程所需資產增置汰換5501億元外，還有3600億元的貸款本金必須償還。這樣的說法已造成外界對於特許期利益的錯誤聯想，並混淆財務改善方案不當圖利，交通部及高鐵局多次公開澄清說明，各界仍未能回歸專業探討問題，深感遺憾。
第四爭議：未來的資本支出
針對「機電、列車等未來需要重置更新的支出只有2000億元左右」問題，所言機電及車輛更新只有2000億元，這個金額是87年至95年間的幣值成本，35年後就算不考慮更換功能更先進的系統，也必須考慮物價調整，以每年1％估算，約當原來的1.4倍，即2800億元。另外，95年時是30組列車，未來隨運量成長將增加為47組列車，以最簡單的方法推估，未來系統規模約為95年時的1.57倍，就達約4400億元。更何況機電系統中的號誌、通訊及維修設備等，並非35年才更換一次，而是7～15年就必須更換，也就是說，19+40年期間必須更換4～7次。還有基地擴建及新增四站工程(苗栗、彰化、雲林站及南港延伸線)，所需費用都必須納入估算。高鐵財改案所列未來資本增置汰換約5501億元有其估算依據，而非憑空猜測。
第五爭議：利益歸屬
文章表示「至少應有5000億元以上的獲利」的說法是來自營業活動淨現金流量至少增加8000億元，並將扣除資本支出3000億元後的5000億元，都歸為獲利。但這樣的算法與事實不符，因現金運用除「來自營業活動的淨現金流入」，還有「投資活動的淨現金流出」及「籌資活動的淨現金流出」，資本支出3000億元(事實上是5501億元)是「投資活動的淨現金流出」，那「籌資活動的淨現金流出」呢？欠銀行的貸款3600億元，都不必償還嗎？ 更何況財務改善方案已擺脫BOT框架，將由公股泛公股參與增資，並透過全民認股，讓延長特許期利益由全民共享。
第六爭議：減資、增資及私募問題
針對「延長特許營運期間40年的情況下，因有鉅額利益，不論原股東或潛在新投資人(新股東)都會想要參與增資，而特別股股東也可能不會再要求現金贖回。要如何增資、如何私募才適當」、「財改方案保留130億元給持有特別股的股東認購，而特別股股東正是造成台灣高鐡這次資金缺口的元凶」等問題，正因高鐵財改案涉及延長特許年期，必須透過減資讓現有股東負起虧損責任，並由公股泛公股增資及全民認股，讓未來高鐵公司轉變為全民擁有的高鐵公司，而非BOT框架下，由五大股東掌控的高鐵公司。
在此基礎上，政府同意延長特許期才有正當性。至於特別股股東依公司治理職責，為保障其權益及請求權時效，而提起訴訟要求高鐵公司贖回，是否應以「造成台灣高鐵這次資金缺口的元兇」評論，有待公評。
高鐵局更指出，高鐵公司自有資金比例於特別股轉債後不足2％，遠低於合約規定的25％，向銀行團及特別股舉債超過4000億元以上，原始股東遲遲不願增資改善，才是高鐵財務問題的主因，未來虧損逐漸擴大終將破產乃不爭的事實。到時候，接管營運是為維持高鐵運輸服務不中斷的必要公權力作為，所謂破產接管恫嚇之說，真的是倒果為因。