陸委會對於中國這個舉動，沒有主動表達立場。對於外界詢問，陸委會指出，中方曾向ＩＣＡＯ提出多條航路代號申請；依國際民航公約精神，ＩＣＡＯ會員在其飛航情報區劃設新航路，若對鄰近區域有影響，應先進行相關協調，因此，「中方與我方於日前展開溝通，就航路劃設及航空管制相關技術問題交換意見」。
陸委會說，在兩岸溝通尚未達成共識前，中方十二日發布飛航公告，除雙方曾溝通的M503航路外，還有三條從未於近期溝通過程中提出的航路，因此交通部表達不能接受中方作法的立場。
對於兩岸正在協商中的「陸客中轉」相關議題，陸委會則強調，雙方已授權海基會與海協會進行工作商談，「與航路劃設無涉」，中方劃設的新航路，不是兩岸航路，未來雙方將持續溝通，「本議題後續處理不應擴及其他事務」。
陸委會解釋，所謂「不擴及其他事務」，就是兩岸協商中的「陸客中轉」及其他相關協議商議，都不受此事的影響。