臺南市政府因應來勢洶洶的禽流感疫情，1/13舉辦「臺南市動物疫災緊急應變工作小組第1次會議」，市長賴清德擔任召集人，各相關局處及市內飼養水禽的區公所皆出席研商H5N8及新型H5N2亞型HPAI禽流感防治策略。賴市長指示各局處以高規格因應，不可輕忽，以「防疫視同作戰」的精神來做好準備，將傷害降到最低。
賴市長指出，這波禽流感共有3種病毒：H5N8、H5N2、以及基因重組過的H5N2。目前疫情來勢洶洶，臺南受到衝擊的機會非常大，希望能結合相關局處，甚至落實到區公所，將這波禽流感疫情所造成的傷害降到最低。賴市長除呼籲禽農全力配合，也希望社會能夠全面支持，同時也讓市民了解市府目前採取的因應作為，藉此讓防疫工作可以全面落實。
賴市長表示，目前臺南檢體的結果雖尚未出爐，但由於在這波疫情中，臺南的鄰居已經相繼淪陷，若能多一分作為，就可以減少一分損失，甚至爭取更多時間或空間作好防疫工作。賴市長指出，目前疫情無禽傳人的現象，僅在禽鳥身上，請市民朋友安心，不必恐慌。他並呼籲市民在食用鴨、鵝、雞及蛋類時，應充分煮熟，切勿生食。此外，賴市長還裁示經發局、消保官及相關局處注意物價，杜絕惡意哄抬，導致民生物資不穩定的情形。