台灣從1909年日據時期設立「台灣總督府研究所」開始製造研發公立疫苗，可說是疾管署血清疫苗廠的前身。1961至1963年間亞洲爆發霍亂大流行，當時台灣霍亂疫苗除提供國內防疫，還轉送上百萬份霍亂疫苗予東南亞鄰國。
在台灣退出聯合國前，台灣公立疫苗的發展不僅保障國人的健康，也曾捐贈疫苗給世界衛生組織，揚名國際；然而，隨著將疫苗交由民間產製的國際潮流，以及疾管署廠房不符PIC/S GMP製藥新制，不再自製日本腦炎、破傷風類毒素等疫苗，並將蛇毒血清轉移給國家衛生研究院製造。
雖然疾管署保證到2016年前疫苗不會斷貨，但是曾任衛生署長的監察院長張博雅關切，包括國外的疫苗都符合標準嗎？產製時程都能配合嗎？她說，萬一呼天不應叫天不靈，疫苗斷貨，誰該負責。
曾任衛生署長的國光生技董事長詹啟賢指出，停產日本腦炎等疫苗，是因為疫苗生產線要升級符合國際法規；不過，因應禽流感H5N1、H7N9的人類疫苗已進行第2期臨床試驗，萬一國內H5N2禽流感演變出人類疫情，在同樣的技術平台上可以緊急研發H5N2疫苗。
郭旭崧說，常規疫苗都有存貨，比較擔心傳染病流行時，疫苗很貴，甚至有錢也買不到；不過，衛生福利部長蔣丙煌說，政府不會放著不管這件事，疫苗要產業化，也會投入研發，扶持國內疫苗廠。
今天疾管署發表「百年榮耀，世紀傳承」台灣百年公立疫苗製造史紀念專書，張博雅、詹啟賢、郭旭崧、有「疫苗之父」之稱的台大名譽教授李慶雲、前衛生署預防醫學研究所長洪其璧、前疾管署長張峰義、國衛院感染症與疫苗研究所所長廖經倫及首任疫苗中心主任廖明一等人，共同見證2015年元旦公立疫苗走入歷史。