馬英九總統兩次總統大選舉補助款流向遭外界質疑，內政部13日表示，「總統副總統選舉罷免法」84年施行迄今，選出的第9任至第13任總統、副總統當選人，皆是依政黨推薦方式登記為候選人，並依法由推薦的政黨向中央選舉委員會領取競選補貼費用，「並未有由候選人自行領取競選補貼費用的情事」。
內政部指出，84年因應總統、副總統直接民選需要所制定的「總統副總統選舉罷免法」，依據憲法增修條文意旨，規定總統、副總統候選人應聯名登記。
至於總統、副總統候選人的產生，「總統副總統選舉罷免法」規定，須循「政黨推薦」或「連署人連署」方式產生，與其他公職人員候選人自行參選的方式不同。
針對各組候選人競選費用的補貼，「總統副總統選舉罷免法」立法之初於第39條（條次現已修正為第41條）即規定，各組候選人選舉得票達當選票數1/3以上者，應補貼其競選費用，每票補貼新台幣30元，但其最高額，不得超過候選人競選經費最高金額。
同條第2項規定，政黨推薦的候選人其補貼費用，應由該推薦的政黨領取。依據前述規定，依政黨推薦方式產生的總統、副總統候選人，如選舉得票達規定票數，競選補貼費用，是由推薦的政黨領取，而非由候選人自行領取。