根據《自由時報》今（12）日報導，台灣高鐵前董事長殷琪在2013年1月，前寫了一封密函給當時的行政院長陳冲，痛斥某「行政院高層」擋下高鐵原始股東版的融資案，另推財改案，並趁勢脅迫她交出高鐵經營權。而「行政院高層」究竟是誰？民進黨立委黃偉哲表示，現任行政院長、當時的交通部長毛治國的可能性是相當高的。
根據媒體報導，毛治國和殷琪分別在2004年和2008年有兩次恩怨，2004年毛治國與殷琪的共同友人曾安排兩人餐敘，會後友人向殷琪推薦毛出任高鐵CEO（執行長），但未獲正面回應；2008年政黨輪替後，毛治國接任交通部長，在殷琪離開高鐵之前，兩人確實互動不佳。據轉述，毛治國曾在開會時當眾罵殷琪：「妳以為妳是土皇帝啊」！殷琪則私下向友人抱怨，毛治國認為高鐵公司是他的。
對此，黃偉哲表示，2004年民進黨執政，毛治國可能在交通部次長任內得不到重用，再加上他已經當過中華電信的董事長，也當過高鐵籌備處處長，但在民進黨執政時期得不到重用，想要往企業發展，所以想要當高鐵執行長，也就是過去歐晉德擔任的位子，執行長年薪高達六、七百萬以上，而且也不用直接面對立法院監督，這樣好的缺，殷琪當然不可能拿來當做政治酬庸。
黃偉哲說，等到2008年以後，殷琪找了歐晉德，殷琪跟毛治國可能就結下樑子了，毛治國擔任高鐵的頂頭上司，也就是交通部長的時候，他當然想要復仇，復仇的方式就是讓殷琪下台，讓高鐵的財改方案無法過關，以這個方式逼殷琪下台，後來殷琪果然下台了，結果財改方案，在歐晉德手裡一字未改卻過關了，但在殷琪手裡卻過不了關。
黃偉哲指出，其實高鐵不是不能存活，而是國民黨的政商高層要它不能存活，就是提出官方政院版的財改方案，事實上只是圖利財團，把營運特許，從35年延長到75年，75年後大家都不在了，在這樣的情況下，財團還在，所以國民黨是看人辦事，嚴重圖利財團。