在屏東大武山蛋雞場爆發H5N2高病原禽流感疫情後，又有嘉義、雲林、屏東養殖場傳出疫情，農委會副主委王政騰在11日下午証實，中南部禽流感疫情當中，屏東大武山為H5N2，另外中南部鵝場分別檢出新型H5N2和首次在台灣出現的H5N8，H5N8在全世界很多地方出現，也在鄰近的日本、韓國出現，但是在台灣則是第一次出現。
上月開始中南部雲嘉屏三縣市都傳出有雞鴨鵝異常死亡，共有15家養禽場鴨鵝出現異常死亡或產蛋量下降的情況，在樣本送往農委會家畜衛生試驗所檢驗後，今天確認暴斃的鴨、鵝檢體確診分別感染新型H5N2亞型及H5N8亞型高病原性禽流感。其中嘉義縣大林鎮種鵝場檢出的H5N8高病原病毒是台灣首例，農委會主任委員陳保基認為可能是候鳥傳播到台灣。
農委會已經成立「動物疫災緊急應變小組」，由農委會副主委王政騰擔任指揮官，王政騰表示，檢驗結果分別在雲林縣4鵝場確認感染新型H5N2禽流感、嘉義縣1種鵝場確認感染與韓國株相近的H5N8亞型禽流感及屏東縣1蛋鴨場確認感染新型H5N2禽流感，將全面撲殺防止疫情擴大，並要求全國屠宰水禽的屠宰場必須停止屠宰2天。
實際上H5N8禽流感正在全世界大流行，去年日、韓、德、荷、英、美等接連爆發H5N8疫情，和H5N2僅對雞隻致病不同，H5N8對雞、鴨、鵝禽類都會造成傳染，農委會在嘉義發現首例感染H5N8的鵝之後，已通報世界動物衛生組織（OIE）。家衛所前所長劉培柏則表示，雖然目前沒有任何報告顯示H5N8會傳人，但禽流感病毒很難講何時會感染人。
農委會下午緊急召開專家會議及縣市視訊會議，訂定因應策略，同步由各縣市展開相關防控行動，重要措施包括：
(一)確診發生場立即撲殺，發生場池水不要排放，全場區清潔消毒，未清池及通過哨兵家禽試驗前，不得復養。
(二)確診場3公里範圍內禽場依程序加強監測，以確定有無禽流感病毒活動，並建議3公里範圍內採乾式飼養。另飼料車及人員於進出場區前均須完成徹底清潔及消毒。
(三)全國屠宰水禽之屠宰場停止屠宰2日（至104年1月14日中午12點止），並加強全場區清潔消毒。休宰期間，全國水禽禁止移動，並加強運輸車輛及裝載箱籠、肥育場（斗場）清潔消毒。
(四)水禽場防鳥圍網全面補強。
(五)屠宰場周圍斗場不得繫養鴨鵝，直至疫情控制為止。
(六)運輸車輛及裝載箱籠須於屠宰場內完成清潔消毒，始得離場。
(七)有疑似罹病水禽不得運往屠宰場，屠宰場持續加強屠宰衛生檢查，有疑似症狀或異常死亡者不得屠宰，屠檢獸醫師並依程序通報。
(八)化製場如有異常斃死水禽運入，應立即依程序通報所在地動物防疫機關處理。