行政院大陸委員會副主任委員吳美紅下午在記者會說，中國大陸國務院台灣事務辦公室未針對雙橡園元旦升旗事件和陸委會有過任何聯繫。
對於部分人士認為此事恐影響兩岸關係，吳美紅表示，總統馬英九上任以來，在中華民國憲法架構下維持台海「不統、不獨、不武」現狀、改善兩岸關係，創造和平穩定的台海情勢，也對區域安全與穩定具有重大貢獻。
她指出：「兩岸關係的和平穩定與台灣的國際空間拓展形成正面發展的良性循環，我們相信兩岸會共同努力，維護得來不易的和平穩定關係。」
中華民國駐美代表處於美東時間1日上午8時30分在雙橡園舉行元旦升旗典禮，駐美代表沈呂巡、李秋萍夫婦與代表處官員等出席。這是中華民國與美國斷交36年來，青天白日滿地紅國旗首度在雙橡園升起。
大陸外交部發言人華春瑩5日表達北京「堅決反對」的立場，並說已向美國嚴正交涉。
大陸外交部發言人洪磊7日又稱，希望美國恪守「一個中國」政策和中美三個聯合公報原則，防止類似事件再次發生。