交通部表示，8000億元利益說法，是以為延長40年期間，乘上高鐵營運的淨現金流量每年約有200億元估算，但這種簡單算法並不正確。
交通部依財務模組分析，在延長40年條件下，未來59年（含現有19年剩餘年期）總營收約3兆1582億元，扣掉營業成本費用1兆4300億元、系統設備更新5501億元、還銀行貸款3619億元與利息4854億元、給政府的回饋金746億元與所得稅477億元等，剩下約1964億元作為股東報酬。
而依高鐵財改案，未來可分配報酬的股東，依法包括減資後現有普通股，包含公股、泛公股、現有6萬名小股東及5大原始股東；其中公股、泛公股及一般投資大眾佔78%，五大股東只占22%左右。
交通部說，與台灣高鐵公司協商提出整體財務改善方案，已是交通部目前所能尋求整體處理成本及不確定風險相對較低的方案。
高鐵通車8年，財務結構不佳，加上特別股股東追討股本官司，高鐵瀕臨破產，預估最快3月。
高鐵財改案是希望透過減資打消虧損，並與銀行團取得共識，盼銀行團為確保債權凍結的400多億元高鐵資金能解涷，部分贖回特別股，部分做為泛公股增資高鐵的資金，同時搭配特許期延長40年，吸引新的股東投資。
交通部原希望最遲去年底能通過財改案，但立法院交委員會仍有不少質疑，延到明天再審查，交通部認為已是最後期限，不過關就只好走上程序更複雜的強制接管及政府收買。