民進黨表示，將在召開國是會議時，主動提議邀請馬總統擔任「貴賓」，並尋求其他政黨和公民團體同意，總統既非「會議主席」只是「與會貴賓」，民進黨顯然並未把總統府視為國是會議的聯合主辦單位。總統府則低調回應，馬總統對於參與的身分與開會方式，「沒有預設立場」。
問題是，藍營內部已經出現不同意見。例如國民黨立委賴士葆即直接表示，國是會議應由總統府主導，他認為國是會議開完之後，仍要由執政黨執行，「所以當然還是要由府方來主導」。親民黨副秘書長劉文雄也表示，親民黨固然對國是會議樂觀其成，但國是會議「一般都是由執政政府處理，否則大家在外頭各說各話也沒用，還是要由執政政府參加，才有實質意義」。兩人發言都指向同一結論，亦即如果沒有馬英九主導的中央執政團隊參加，光由蔡朱兩位黨主席結合公民團體共同參與國是會議，並不會導致實質改變。
畢竟，儘管朱立倫即將擔任國民黨主席，並不表示朱能主導中央決策。例如早在去年12月2日，馬已經辭去國民黨主席，但代表中央決策的黨政會報，至今參與成員仍然只有馬英九、吳敦義、毛治國、洪秀柱、費鴻泰5人，清一色都是親馬人士。朱當選國民黨主席之後，5人小組可望擴大為6人小組，但朱在黨政會報仍將處於1比5的決策劣勢局面。
朱立倫擔任黨主席之後，固然很可能撤銷對王金平的黨籍訴訟，但王在恢復黨籍之後，能否順利取代洪秀柱，重新取得參與中央黨政會報權利，至今並不確定。此外，朱主席是否重新任命國民黨政策會執行長，改以親朱人士取代費鴻泰，以便進一步掌握立法權，也將考驗朱是否膽敢挑戰馬的主導意志。
更何況，即使朱主席一路順風，以最快速度讓王金平取代洪秀柱、讓親朱黨鞭取代費鴻泰，兩人都成功進入中央黨政會報，親朱勢力與親馬勢力之間，也只是呈現3比3平衡，馬英九、吳敦義、毛治國三人仍將牢牢掌握行政權，朱主席充其量只能透過立法院，間接對大政方針產生影響。
畢竟在元旦文告中，完全看不出馬英九有任何「分享權力」或「總統虛位化」打算。儘管馬強調「所有的不滿應該到我為止，由我承擔」，但他並未從「由我承擔」推論出「下詔罪己」，仍在結論表示「我一定繼續努力負起總統的責任：捍衛主權、提升國力、照顧弱勢，絕對不讓台灣空轉」！言下之意，即使知道自己的民調只剩下個位數，馬仍將繼續緊握總統權力，繼續堅持領導到底！
馬無意退居二線的最明顯指標，就是他對朱立倫參選黨主席聲明最引人關注的修憲訴求，不管是內閣制、降低投票年齡、降低小黨門檻，竟然在元旦文告中隻字未提！文告提出三大訴求，「社會和解」坦承貧富差距擴大，「朝野合作」呼籲召開國是會議，「兩岸和平」仍然流於自賣自誇，對修憲議題完全忽略。
去年6月金溥聰曾說，馬像正在離港的大船，必將遠離喧囂，但還有責任護航接班大船進港。但在去年11.29遭逢空前慘敗之後，黨內反馬勢力風起雲湧，馬意外被迫辭去黨主席，對於執政歷史可能遭到否定，甚至連自身清廉也越來越備受質疑之際，馬突然感到莫名的權力恐慌。
形勢急轉直下，馬金兩人原本以「安排接班」為優先考量的「大船離港論」，如今已經轉向以「安全下莊」為優先考量的「大船在港論」。大船不能離港，亦即不能信任完全接班，因為馬對於來勢洶洶的朱王聯手，很難毫無戒心放手，更不要說推心置腹。確保大船在港，亦即必須繼續主導局面，因此馬對於朱試圖扭轉形勢的修憲訴求，只能先以完全忽視因應，以便爭取更多權力談判空間。
夾處在國民黨「兩個太陽」之間，空前勝選的民進黨主席蔡英文，突然成為馬朱兩人爭相拉攏共商國是會議、以便拉抬自己身價的熱門對象。由於立委選舉在即，各方勢力莫不想藉由國是會議凸顯獨特主張，因此在朝野多元折衝之後，2015年國是會議，很可能發展成同時包括修憲和經貿議題的超大會議。
2013年蔡英文還沒擔任民進黨主席之前，曾三度呼籲馬英九召開國是會議，第一次是針對油電雙漲和民生困難，第二次是針對年金改革，第三次是針對核四公投和服貿爭議，但馬都置若罔聞。2014年6月，蔡英文再次當選民進黨主席，旋即拒絕參加馬政府以「全球化下的經濟發展策略」為主題的「經貿國是會議」，另行舉辦以中小企業、創造就業、分配正義為主的「公民經濟會議」。
顯而易見，即使蔡馬兩人對於經貿政策路線各有執著，但兩人在2014年都認為國是會議應以經貿議題為核心，與李登輝總統分別在1990年和1996年兩度透過國是會議推動修憲明顯有別。不過，隨著2014年3.18太陽花運動衍生出公民憲政會議，以及2014年12月朱立倫參選國民黨主席拋出修憲議題，2015年即將展開的國是會議，已經不太可能迴避第三次修憲運動。
可預期的是，2015年上半年的國是會議，將比前兩次來得更加複雜：
一、國民黨必須先完成內部整合：
馬面對逐漸成形的朱王結盟，必將繼續堅持「大船在港」的總統地位，朱主席必須在中央黨政會報，促成馬王達成共識，才能避免國民黨流於渙散，進而整合國民黨提出完整的經貿政策與修憲主張。
二、民進黨將同時面對兩面作戰：
蔡主席將首次面對朱馬王的聯手攻勢，以及公民組合加上公民憲政會議的組黨挑戰，必須及早整合民進黨立院黨團，提出化解全球化與分配矛盾的經貿政策，同時針對總統直選與內閣制的矛盾提出修憲主張。
兩相比較，儘管國民黨存在「兩個太陽」的馬朱磨合問題，但兩人不管在經貿政策或修憲主張上，立場都很接近，並不難在繼續推動ECFA與內閣制上達成共識。隨著馬對朱的崛起逐漸建立信任，國民黨的整合問題可望順利解決。
反觀民進黨，儘管蔡主席看似篤定成為總統候選人，早先「兩個太陽」的蔡蘇之爭已經提前化解，但黨內不管在經貿政策或修憲主張上，仍有不少分歧。面對4月即將公布的中韓自貿協定細節，黨內即有「必須及早提出兩岸經貿政策」的務實主張；另外針對修憲，黨內也還有總統制與內閣制之爭。對比於朱主席早就拋出內閣制的實質主張，蔡主席至今並未就政府體制問題提出實質觀點，民進黨繼續如此迴避修憲立場，恐怕會越來越失去民心。