菲國天主教主教團團長維列加斯（Socrates Villegas）最近發布了2015-2號通告，主題為「教宗來訪必行9天敬禮聖時祈禱文」（Obligatory Novena Holy Hour for the Papal Visit），請信徒祈求上帝保護教宗在訪菲期間的安全。
通告稱，「由於不能使用防彈車和武裝維安人員等例行安全措施，我們轉向主，要求祂保守神聖教宗安全，不受任何傷害…上帝是我們的避風港，在祂的愛心之下，我們獲得保守。」
教宗預定1月15至19日訪菲，教會宣布將準備兩輛教宗座駕，1輛在馬尼拉使用，另1輛在海燕重災區塔克羅班市使用，但為與信徒們有更直接的互動，教宗本人不願意使用被鐵甲及防彈玻璃防護的防彈車。
維列加斯指示他所管轄的教區，在1月6日至14日期間，每天為教宗方濟各的安全祈禱，「這是必行的9天敬禮」。
稍早前，菲國軍警情報人員聲稱，共黨游擊隊新人民軍、分離組織莫洛國伊斯蘭自由鬥士（BIFF）、恐怖組織阿布沙伊夫（Abu Sayyaf）以及伊斯蘭哈里發（Khalifa Islamiya），都是教宗安全的潛在威脅。
1995年教宗若望保祿二世訪菲，馬尼拉警方曾破獲行刺教宗的陰謀。