施質疑 馬政府與頂新魏家關係
施明德在「給馬英九歲末夜語」文章中指出，自己對「馬英九不會涉貪」這句話，已經嚴重動搖，甚至傾向馬可能在卸任後，會成為台灣第二位入監的總統。
施明德並質問馬英九，二○一二年的總統競選經費，為什麼只報了四．四億，比蔡英文的七．五億還少三億多？為什麼允許頂新魏家老四魏應行帶雲林縣農業處長到總統府做簡報，隨後又指示農委會主委陳保基到一○一與魏家開會，事後魏家果然取得兩岸農產統包，「您如此行徑已是違憲犯行！」「如果不是您、您的黨、您的政府關關為他打通，魏家為什麼可以橫行無阻？」
府聲明 秉公處理勿再抹黑污衊
總統府為此聲明指出，魏家是農曆年前到總統府禮貌性拜會，言談間提到頂新營運現況與彰化祖厝整修情形，並沒有請託任何事情，馬總統也沒有交辦任何事項，魏家與陳保基會面時間則是在六個月之後，兩者並無任何關聯，陳保基也已一再說明澄清，並未接獲總統任何指示。
總統府強調，頂新集團在國內各類投資行為，均由各主管機關依現行法規處理，完全由市場機制決定，影射政府包庇頂新等說法，全都是憑空捏造，不符事實，請指控者提出確切事證，不要以訛傳訛。
黨澄清 馬競選經費均依法申報
此外，對於施明德在文中還質疑二○一二年總統選舉時，馬英九匿報競選經費帳目，國民黨發言人陳以信也嚴正澄清表示，馬當時競選經費均依相關法規辦理申報，並無不法之處；「每位候選人風格不同，不能說花得少就是匿報」，國民黨或馬吳競選總部絕無匿報或偽造帳目情事。