迎接中華民國104年元旦，馬總統清晨6時許在副總統吳敦義、行政院長毛治國等人陪同下，出席總統府前的元旦升旗典禮，並首度與新任台北市長柯文哲同台，兩人僅握手未交談。
總統今年以「和解、合作、和平」為題，發表元旦祝詞談話，強調未來努力的三大方向為「社會和解」、「朝野合作」與「兩岸和平」。
面對九合一大選後的政治新局，馬總統一開始提到，過去這一年，社會經歷了一些紛擾，雖然有各種不滿與對立，人民都已經用選票表達意見，台灣的民主日漸成熟，選後社會也很快恢復平靜。
展望新的一年，總統說，政府必須記取教訓，因為「社會暫時的平靜，代表的不是問題的解決，而是人民對改革的期待」。
總統提出社會和解，尤其回應學運、青年、「婉君」等議題。他說，去年三月的學生運動，確實為台灣帶來了衝擊。在網路串連、青年發聲的主旋律之下，整個社會有了一股全新的脈動，必須承認年輕人懷有較高的理想性與正義感，對不公不義的事特別反感，政府若說明不清或做法不當，很容易引發誤解與批評。
「和解必須來自理解」，總統說，要用與過去不同的方式理解年輕人，用青年的眼光看世界，從弱勢的角度想未來。他希望政府官員，必須設身處地理解對話的對象，傾聽人民的心聲，施政避免一廂情願。
總統也向在野喊話，力促「朝野合作」。長久以來，朝野累積太多對立，不能有效合作，「一直是我擔任總統到今天最大的遺憾」。
「所有的不滿應該到我為止，由我承擔」，總統的感性喊話，表達願意促成朝野任何形式的對話與合作，不限議題、各種型態的國是會議，都樂觀其成。
在對外關係方面，總統重申推動兩岸關係，最重要的目的是除了和平，還是和平，而過去6年多來努力成果，也證明這條追求和平的路線是正確的。
延續一路以來的兩岸政策，未來仍將在中華民國憲法架構下，維持兩岸不統、不獨、不武的現狀，在「九二共識，一中各表」的基礎上，秉持「以臺灣為主，對人民有利」的原則，繼續推動兩岸的後續經貿協商，推動兩岸互設辦事機構，促進兩岸關係更進一步的和平發展。
新年初始，總統握拳宣示，會繼續努力負起總統的責任，捍衛主權、提升國力、照顧弱勢，承諾「絕對不讓台灣空轉」。在總統向感性喊話，主動遞出橄欖枝後，在野黨如何回應，正是考驗的開始。