依本署於102年公布之「全民健康保險醫事服務機構提報財務報告辦法」，規定特約醫療院所領取的健保醫療費用超過一定數額者(102年為6億元)，需提供經會計師查核驗證或審計機關審定之財務報表，由本署於年底前公布於網站供各界查詢。 102年領取健保醫療費用超過6億元以上者，共有109家醫院，其中醫學中心19家，區域醫院74家，地區醫院16家；109家醫院所領取之健保金額為2,956億元，占全部醫院家數(474家)領取健保金額總數之85％。
依109家醫院財報資料分析，102年當年收支餘絀(含醫務及非醫務)有結餘者97家(占89%)，短絀者12家(占11%)；如以「醫務收支」分析，則醫務收支有結餘者76家(占70%)，短絀者33家(占30%)，也就是約7成的醫院醫務收支是有結餘的，另3成醫務收支短絀之醫院，如加計非醫務利益之彌補，則有約2成的醫院可轉為結餘，僅有12家醫院(11%)仍為短絀。
續依層級別分析，在19家醫學中心中，醫院當年收支餘絀(含醫務及非醫務)顯示有結餘者17家，占90％；74家區域醫院有結餘者65家，占88％；16家地區醫院有結餘者15家，占94％；如以「醫務收支」分析，則醫務收支有結餘者，醫學中心12家(占63%)，區域醫院54家(占73%)，地區醫院10家(占63%)，顯示在加計非醫務利益後，有5家醫學中心、11家區域醫院及5家地區醫院，其年度收支可轉為結餘。
依據「全民健康保險醫事服務機構提報財務報告辦法」，院所應提財務報告之門檻採階段擴大辦理，102年至104年應申報之標準為領取超過6億元，105年至106年降為4億元，107年後再降為2億元，本署推估屆時需公開財報之醫院，其領取之醫療費用占率即可達到所有醫院費用的9成以上。本署希望透過資訊公開，讓大家對健保資金之運用能有更清楚的認知，以落實民眾參與及共同監督，提升全民健保資源之使用價值。