全國教師工會總聯合會連同國立東華大學教授王純娟等多位教師，昨天在台北召開記者會，抗議吳茂昆「假借職權」、溢領教師獎助金，僅吳茂昆一人，就已經吞食將近十分之一的教師獎金，讓自己年薪幾達五百萬元「比行政院長多」，掏空校務基金。
他們並指吳茂昆包庇親信違法兼職，包括年初被彈劾的化學系教授戴達夫，擔任系主任時兼任建設公司董事，只罰「一年內不得在外兼職兼課」、幼教系主任石明英違法兼任遠雄悅來飯店董事，均毫無懲處；而教師升等、主管遴選，也由少數人黑箱操控。
吳茂昆透過校方發出個人聲明表示，願意主動向學校審查單位申請撤銷「講座教授」的身分。另外，吳茂昆也強調，薪資是經過正當程序核定，「如果多數同仁認為我坐領高薪，與同仁搶食獎勵金，甚至造成校務基金的沉重負擔，我願意立即辭去校長一職。」
東華大學主秘劉瑩三替吳茂昆背書說他並未溢領。另舉監察院調查報告，吳茂昆一○一年年薪四五○萬元，一○二年四六四萬元，分別只佔校務基金的○．一八八六％、○．一九二一％，「何有掏空校產這麼嚴重」。