基北區免試入學方案的超額比序只比會考3等級、10量尺，刪除4標示項目，和教育部規劃先比3等級、4標示，量尺在「比無可比」時才用的初衷不同，也引發中央和地方紛爭。台北市長柯文哲、新北市長朱立倫也持一致態度，希望教育部態度要改變。
吳思華今天接受媒體訪問時表示，照顧全國學生的需要，是教育部最大的責任，會考是用來學力監測，必須全國一致，量尺分數本來就是提供「特定狀況」使用，他也提醒，基北區若直接這樣使用量尺會有問題，他也對此感到憂心。
吳思華表示，教育部已經善盡告知責任，如果基北區仍堅持要用原來的免試方案，教育部會以學生權益作最大考量，協助基北區做後續處理，而基北區自己也要做好承擔後果的準備。