立法院經濟委員會上午召開會議，審查農委會相關基金預算。陳保基接受聯訪，做以上表示。
旱作調度用水計休耕5處、共4萬1576公頃，優先供民生及工業用水，再度引發犧牲農業、工業優先之爭。
其中，12月31日前停灌的是台中大安溪4625公頃、苗栗明德水庫1175公頃；第二波明年1月15日以前，桃園2萬2677公頃、新竹4606公頃、嘉南8493公頃；共計 4萬1576公頃。農委會農糧署估計，休耕補貼粗估需新台幣30億元。
陳保基指出，停灌共移用農業用水4.1萬公噸，占全數110萬公噸，不到4%；而民生及工業用水有先減壓、限水，不是優先停灌農業。
農業用水停灌，卻由農委會編列預算補貼，引發諸多質疑。首先關於預算法規定專款專用，他說，亢旱休耕的補貼預算，雖是使用更早之前推動休耕措施的預算，農民可自願選擇休耕與否；現行亢旱休耕是強制，但就結果論，都是休耕導致米減產，所以使用之前的休耕補貼預算作為亢旱休耕補貼經費使用。
不過，關於民國92年行政院決定亢旱休耕補貼預算，農委會占35%、水利署占27.5%、科技部占17.5%、台灣自來水公司占20%；91、92、93、95、99年5次亢旱經驗，農委會預算平均占46%之多。
他說，水資源是公共財，移用要補償；補貼預算編列制定時，他還在學校教書，也覺得「不合理」。但媒體詢問是否會向優先用水的工業界求償？因事涉跨部會事務，陳保基避開媒體，轉向立委寒暄，未正面回應。
此外，輿論質疑農委會為了取消之前的休耕機制，推動休耕地活化，要讓預算使用有效率，而非用於沒有生產貢獻上；有媒體詢問，亢旱屢次休耕，是否把農委會推動休耕地活化的努力「打趴」？陳保基說，「可以這麼說」。