針對媒體報導，「高鐵破產是交通部逼著贖回特別股，殷琪：葉匡時是始作俑者」云云，交通部日前發出聲明強調，航發會是協助高鐵營運的貢獻者，不得已才訴訟保障投資權益。
經交通部查證航發會表示，航發會在94年9月間與其他特別股股東，都是站在協助政府與台灣高鐵公司立場，投資購買特別股，對於促進高鐵通車營運具有一定貢獻，後因台灣高鐵公司屆期未依規定贖回特別股並給付股息，經航發會多次函催未果，加上101年立法院交通委員會會議曾決議：「航發會繼續函催台灣高鐵公司儘速歸還，並應於1個月內提出訴訟要求台灣高鐵公司儘速歸還45億股本及98年9月30日以後之利息」，並因股息請求權時效為5年將屆。
在衡酌高鐵持續營運、照顧民眾搭乘權益及保障公股權益下，經董事會會議研議後，航發會始於101年12月提起歸還本金及給付股息訴訟，航發會絕非第一個對台灣高鐵公司提起訴訟的特別股股東。
而後，航發會經董事會充分討論後，基於交通部對台灣高鐵公司整體財務改善計畫及後續處理方案，已有規劃，為利交通部與台灣高鐵公司進行協商，同意暫予撤回告訴，並視後續改善情形再予處理，爰於102年2月撤回告訴，可見航發會對於台灣高鐵公司之請求訴訟並非以歸還本金為唯一考量。
直至103年6月底止，已有多家特別股股東向台灣高鐵公司提起請求本金之訴訟並獲勝訴判決，經考量特別股股息之請求權時效，航發會為維護自身權益，遂於103年7月再次提起訴訟。
另，針對台灣高鐵公司未依規定發放96年1月1日至9月29日特別股股息予中技社及航發會之特別股股東，中技社前於98年5月提起訴訟，並獲三審勝訴，航發會基於保障投資權益，不得已才於99年5月跟進提起訴訟請求該期間之股息，可見航發會也非第一個提出請求撥付股息特別股股東。