輿論對於缺水休耕調節用水，讓工業優於農業產生質疑，一部分來自休耕補貼經費，疑未依照使用者付費觀念，仍由國民納稅的公務預算編列居多有關。
農委會農田水利處處長張敬昌公布，以民國95年為例，農委會占休耕補貼經費來源的44.98%、經濟部占20.95%、台灣自來水公司占20.95%、國科會科學園區占13.12%。
他也說，民國91、92、93、95、99年5次調節用水的休耕補貼經費，農委會平均占46%，今年推算近5成。
用水比例方面，張敬昌說，全國用水農業占70%、民生占20%、工業占10%；調節用水後，若只看民生與工業用水，占比為2:1，循此推算工業占優先用水量的1/3；但他建議，要結算停灌期間，因而受惠的區域內工業總用水量占停灌區總用水量的比例，較精確。
媒體詢問，以95年休耕補貼預算編列，僅國科會科學園區預算可算是工業界付費，但也只占13.12 %，質疑比例太低，而且科學園區預算也不一定全數來自業界；反之，農業未用水，農委會卻支付近5成預算，是否應向工業界代位求償，張敬昌說，依此而論，農委會沒有異議。
農委會為調節用水所編列的休耕補貼預算，來自早年推動的休耕制度，與調節用水而休耕的業務項目並不一樣，是否有違反預算法的專款專用問題，而且近年推動休耕地活化，正打算減少早年的休耕補貼開銷，轉用於鼓勵轉種替代作物，如今又挪用，目的恐相違背。
他說，如此編列支用已10年，民國91、92、93、95、99年5次因應調節用水休耕的補貼經費，都是使用早年推動休耕的補貼經費。
對於農民團體質疑工業用水價格僅及家庭用水價格的1/3，又未全額自付休耕補貼經費，最後還是得由全民買單的質疑，張敬昌則回應表示，水價非農委會主管。