農委會表示，旱作調度用水計休耕5處4萬1576公頃，優先供民生及工業用水；水利法雖規範工業用水後於農業，但有2處蓄水量不足以灌溉使用，且目標是明年5月民生不用分區限水。
針對是否損害農民生計，農委會農糧署副署長陳俊言說，以去年收益每公頃新台幣8萬154元加上5%後，算出本次灌區因應缺水調節休耕啟動，水稻田休耕並種綠肥每公頃補貼8.5萬元，若只翻土補貼7.8萬元。
休耕後若轉種旱作，例如青稞玉米、蕃茄、各地政府公告的地區特產（例如花生），則每公頃補貼3.9萬元；因為還有作物收成可賣，補貼金額較少。
媒體報導，補貼是給地主，不是給農民（佃農）；以及若沒有立下紙本的租田契約，恐怕地主自己吸收全數補貼，還會毀約、不續租。
陳俊言說，若是有紙本契約的地主與佃農，以休耕後種綠肥補貼8.5萬元來說，對應到農委會推動多年的小地主大佃農政策，田租每公頃通常是4.5萬元，所以地主會取走補貼金額中的4.5萬元，佃農獲4萬元補貼，民國99年調節用水休耕曾循此制推動，未聞爭議。
他說，關於口頭租用農地，無法取得租約的主因，與375減租心理陰影及擔心被不認識的人假租田真傾倒工業廢棄土污染農地的恐懼無法排除有關；但只有口頭契約的地主與佃農，占所有耕作農戶的比例並不高。
陳俊言強調，若地主要毀約、自己領補貼，也必須改種綠肥或翻土，但通常是自己年邁無法耕作，才會將農地租給他人耕作，因此毀約比例不高，若有此類紛爭，可向北區分署申訴處理。
他公布，全國農地有8到9成是自耕農，政府推動的小地主大佃農，累計至今小地主2萬8900位、佃農1666位，耕地近1.6萬公頃；本次5個休耕灌區裡的農民立契約數量，要再調查。