健保署醫審及藥材小組組長施如亮今天說，製藥新制上路，健保署最新調整價格的2681項藥品，是取得新制認證的藥品重新編碼與訂價；至於舊制的藥品，健保維持原價，衛福部食品藥物管理署認為「不是偽藥、劣藥」，藥證依然有效，可以繼續販賣。
多名不具名藥界人士指出，製藥新制上路，舊藥卻照賣不誤，醫院趁機殺價撿便宜，以至今年以來，部分醫院超量採購囤積，到了明年民眾還是用不到更高安全品質規範的藥品。
衛福部是在98年依照國藥政會議決議，公布自104年1月1日起，國際醫藥品協約稽查組織（PIC/S）的藥品優良製造規範（GMP），以提升民眾用藥安全及製藥業國際競爭力，101年也發布新聞宣告新制上路時，未獲PIC/S GMP認證的藥品，健保將不再買單。
不過，民間監督健保聯盟質疑政策轉彎，理由是目前仍有7000多個藥品沒有獲得認證，卻能持續販售，政府等於是在幫忙出清存貨；這使得健保增加新台幣100億元藥費從優訂價鼓勵新制藥品，形同做虛功。
藥界人士盛傳，如果這些藥品是無可取代者，可以繼續生產，其他可以繼續出清存貨，或是委託通過認證的藥廠代工繼續製造，不一定要自行大興土木蓋新廠、升級舊廠。
對於製藥新舊制銜接期的問題及解套方案，本土及外商藥廠、健保署與食藥署都各有想去，這段期間，專利過期的「學名藥」訂價方式，又引起本國藥廠與外國原廠的對立，衛福部已決定將原訂今年底舉行的全國藥政會議，延到明年第一季春節過後，折衷協調找到最大公約數。