農田水利處指出，經濟部旱災應變小組決定2波停灌休耕地，第一波是12月31日前停灌台中大安溪4625公頃、苗栗明德水庫1175公頃；第二波明年1月15日以前，桃園2萬2677公頃、新竹4606公頃、嘉南8493公頃，共計4萬1576公頃。
農委會農糧署估計，休耕補貼粗估約需新台幣30億元。
台灣農村陣線發言人蔡培慧說，各國已研究推旱作品種，台灣要快動起來；且把預算用在不事生產的補貼已落伍，應用於鼓勵轉作。又家庭用水水費每度9到11元，工業才約1/3，用納稅人的錢編預算補貼休耕，值得商榷。
蔡培慧並表示，部分媒體質疑缺水休耕犧牲農民、農業，工業優先用乾淨水，卻由農政等單位預算補貼，恐違反水利法第18條有關水權使用順序是家用與公共用水、農業用水、水力用水、工業用水的規定，傳有農民研議提告水利署違法。
農委會農田水利處副處長胡忠一說，水權使用順序的調度，農委會都是依政府決策行事，每次休耕都由經濟部水利署公布，水價也是由水利署主管，水利法的主管單位為水利署。
關於預算編列，他指出，農委會遵照民國92年行政院副秘書長劉玉山所做決議行事，院方決定農委會占35%、水利署27.5%、科技部17.5%、台灣自來水公司20 %。