馬英九總統25日在與五院院長茶敘時致詞表示，「9合1」的選舉結果顯示，執政黨與民眾的期待出現落差，因此，未來政府施政時有必要進一步體察民眾的感受，總統說：『(原音)這次選舉，執政黨受到很大的挫敗，顯示執政黨的努力還不夠，跟人民的期待有相當的距離，這一點值得政府部門一起來檢討，我們必須要很謙卑地聆聽民眾的抱怨、建議。』
針對行政院，總統希望持續做好食品安全的把關工作，民生物品的價格也應貼近民意需要；還有就是近來行政院推動的房地合一課稅、兩稅合一、鼓勵扣抵減半等修法動作，都屬於健全政府財政與追求公平正義的法案，行政部門必須持續與國會溝通，努力解決民眾對於高房價與貧富不均的抱怨。
針對立法院，總統期盼自由經濟示範區特別條例、兩岸協議監督條例、兩岸服務貿易協議等重大法案，可以加快審查進度。
對於司法院，總統指出，民眾對於裁判的結果與一些個案仍有不少抱怨，他希望司法院能找出解決方法，讓民眾更加了解司法作業的過程。
而針對考試院，總統特別提醒注意高齡化、少子女化，以及文官制度、年金、公務員素質等問題。
在監察院方面，總統表示，目前監委還有11名缺額，希望立法院盡快處理，讓監察院人力充裕，也期許目前人力不足的監察院可以展現監督政府的立場，妥善行使憲法賦予的職權。