台南市政府2011年11月30日舉辦市花、市樹及市鳥選拔，分為電腦網路投票及紙本投票，同年12月18日截止，網路有2萬1000多人投票，紙本投票58箱。
選拔競爭相當激烈，超出市府預期，尤以市花為最；投票選拔活動開始後，坊間就傳出「內定說」，外傳市府屬意「蝴蝶蘭」，想把多年來代表台南府城的「鳳凰花」三振出局。
當時爭議延燒，不只市議員質疑市府行政系統介入，連當年參選區域立委的候選人都對此事表達意見；使市長賴清德在就職週年記者會上宣布暫緩公布結果，紙本投票封匭。
事隔3年，市府終於公布當年的投票結果，由賴清德中午在永華市政中心主持記者會。蝴蝶蘭以3萬1200票，得票率31.84%中選，成為台南市花；鳳凰樹以5萬2900票，得票率53.99%當選市樹；水雉以4萬3935票奪得市鳥。
台南縣市合併前，台南市花是鳳凰花，市樹是鳳凰樹，市鳥是喜鵲；台南縣花是桂花，縣樹是樟樹，縣鳥是水雉。