台灣彰化、雲林地區由於長期超抽地下水，造成高鐵從166K到228K行經該處的62公里路段沿線地層下陷嚴重。高鐵公司從2003年起，就逐年監測彰化到高雄大約100多公里沿線墩柱的下陷情形，以下陷最嚴重的彰化土庫段、也就是台78線快速道路與高鐵交接處為例，10年來累計已經下陷79公分，但是下陷情況已從最初每年10公分以上逐年下降到10公分以下，前兩年更不到5公分，顯示地層下陷已逐漸趨緩。
為了防止地層下陷威脅高鐵的行車安全，高鐵公司除了在2011年底針對土庫段橋梁完成預防性補強外，今年4月還移除行經土庫與高鐵交接的台78線快速道路土堤，改設高架橋梁，至少減輕7萬噸負重，也讓該處高鐵橋墩角變位量由0.76/1500降為0.63/1500，顯示行車安全無虞，民眾可以放心搭乘。交通部高速鐵路局主任秘書呂新喜說：『(原音)那高鐵沿線整個下陷狀況其實最嚴重是在我們高鐵跟台78快速道路交接的地方，那因為台78這邊是一個很高的土堤，那個重量很重，所以交通部公路總局的人也配合把台78這邊的路堤移除掉，改建為橋梁，來減輕載重。那這個移除的工作已經在今年的4月移除完成，改建橋梁，那根據這個移除前後的高鐵橋梁角變位監測結果，其實有減下來。』
為了確保行車安全，高鐵局現在也著手修改高鐵限建範圍，準備從高鐵沿線左、右各60公尺擴大為左、右各150公尺，預計近期就會實施。