市長賴清德16日公布首波小內閣人事，前台南縣副縣長曾旭正出任副市長、劉世忠出任副秘書長、陳修平擔任教育局長、許淑芬擔任秘書處長、環保局長由副局長李賢衞接任、原研考會主委王時思調任觀旅局長、新聞及國際關係處長趙卿惠調任研考會主委、原秘書處長蕭博仁調任法制處處長。衛生局和社會局則將配合中央組織改造進行組織調整為衛生福利局，由衛生局長林聖哲擔任衛生福利局長。其他小內閣名單，最晚12月25日前公布。
賴市長表示，小內閣人事是秉持「用人唯才、適才適所、無縫接軌、大步向前」原則任用。對小內閣的期許是「今天比昨天進步、明天比今天進步、每天不斷進步、不斷超越」，整體目標有4「文化首都、低碳城市、科技新城、觀光樂園」，要讓台南成為文學家葉石濤所講，是一個適合做夢、幹活、戀愛、結婚、悠然過活的地方。
賴市長指出，原副市長許和鈞基於生涯規劃回台北，由南藝大教授曾旭正出任副市長；原副秘書長劉建忻將回黨中央任職，由新台灣國策智庫執行長劉世忠接任；原教育局長鄭邦鎮屆齡退休，由台南女中校長陳修平接任教育局長；秘書處長則由嘉義縣政府新聞行銷處長許淑芬接任；原環保局長張皇珍將出任雲林縣副縣長，新任環保局長由環保局副局長李賢衞接任。