林祖嘉上午出席「2014兩岸企業家台北峰會」開幕式致詞時說，政府在推動兩岸經濟合作架構協議（ECFA）後續協商和深化兩岸經貿合作之際，已注意到各界的反應。
他說，希望兩岸關係和平發展和深化經貿合作的成果在分配上更為公平，對中小企業和基層民眾能有更多照顧，「我們藉此呼籲雙方談判團隊多從民生和兩岸大局角度看問題，彼此體諒，共同克服困難，儘速完成後續協商」。
林祖嘉也提到，參與區域經濟整合是台灣生存發展的重要議題。據經濟部統計，南韓已和51國簽署自由貿易協定（FTA），11月與大陸完成FTA實質談判，為台灣帶來很大壓力。
他指出，若兩岸良性互動發展能擴展到區域經濟合作，讓民眾感受到兩岸和平發展的實際利益，民眾對兩岸推動經貿自由化的信心和支持度也會提高。
林祖嘉說，兩岸經濟合作和區域經濟合作兩者齊頭並進，能創造兩岸在亞太區域共榮發展；政府期盼兩岸就此議題盡快展開共同研究，這有助民眾支持兩岸經貿合作交流，也為兩岸經貿關係奠定更堅實的基礎。
他表示，兩岸應合作，促進雙方產業結構優質化，運用大陸市場優勢，結合台灣創新研發的能量及靈活彈性的經營管理能力，使兩岸經貿產業合作的利益和成果，讓兩岸全體民眾共享。