民進黨在這次的「九合一選舉」中，成績好到讓人吃驚，並一舉拿下13個縣市，卻也衍生出一時之間要去哪裡找行政團隊的問題，前副總統呂秀蓮指出，台灣的文官體系應該要更健全，政府體系主要是靠基層公務員在運作，選後一級主管的更換應該有一定的比例，而不是全面性的，政府的施政也才可以延續。
呂秀蓮表示，當年自己在補選並當選桃園縣長時，只帶了兩個人進縣府，幾乎都是維持縣府的原班人馬，但自己用了很多誠意及尊敬，與留下的原有主管，天天在一起討論彼此的理念並相互磨合，逐步地贏得他們的尊敬與支持。
呂秀蓮說，這次的選舉過後，當選人收到的各種人事請託都來了，但在這麼短的時間內，草率地決定了那麼多的人選，她真的要為他們擔心，現在許多人當選的地方首長做法，等於是將一級主管全部換掉，重新換了一批人，但政府體系是靠基層公務員在幫忙才能運作，一有不慎恐將引起全面反彈，甚至有怠工、罷工的疑慮。
對於當選台北市長的柯文哲以遴選、民眾票選的方式決定部分的市府局處首長，呂秀蓮認為這樣「太作秀」，將會碰上很多問題，她並建議，文官體系的制度應該更加健全，所有文官都應超越政治、保持行政中立，為什麼選後一級主管都要更換？應該仍要維持一定的比例，而不是全面換人，這樣政府的施政才可以順利延續。