此次九合一選舉，「柯文哲現象」對藍綠政黨都產生相當程度的衝擊，對民進黨而言，更可能引發日後的仿效效應，前副總統呂秀蓮認為，這次民進黨台北市沒有自己的提名人選而是讓給了柯文哲，讓黨紀面臨挑戰，黨魂、黨格被腐蝕，將漸漸不被尊重，一定會為此付出代價。
呂秀蓮在接受本報NOWEnews今日新聞專訪時表示，這次台北市長選舉，民進黨中央自己把黨放掉，這不僅嚴重違反黨紀、也傷害了黨格，如同是公然認為民進黨內沒有人才，一定要借重外人，但明明有那麼多的優秀黨員要選，卻被黨中央給扼殺、根本不讓黨員去選，這是非常嚴重違反黨紀的行為。
此外，這次很多在地方初選沒有過關的人最後也都自行參選，其中不少人還當選，這些人在當選之後還要不要回民進黨？這恐怕都是一種損失；如果因為民進黨贏不了，為了打擊國民黨，只是為了勝選而可以彈性處理，並且去支持別人，這樣下去，黨的威嚴就慢慢腐蝕、不被尊重。
如果這次台北市長選舉，民進黨有提名自己的人，柯文哲當然一樣可以獨立參選，而最後柯文哲仍選贏了，大家佩服他，但是民進黨不提名且無條件去支持他，這絕對會有骨牌效應，以後也都會這樣。
呂秀蓮說，這是不是代表民進黨將被「綁架」，她不知道，但問題是「以後誰會在乎民進黨」？很多人會覺得不需要用黨的名義，既然民意都認為不需要黨，即使沒有黨的提名，照樣可以出來選，這樣的挑戰及問題將會越來越嚴重。
此外，這些地方的縣市長都是諸侯，他們在擁有行政權力、各自擁有一批人馬後，黨中央恐將「令不出黨部」，日後這些地方諸侯覺得本身的權力夠大，甚至個人利益大於黨的時候，還會不會還聽黨部的？恐怕都有問題。