國發會基於對國家總體國家發展規劃的職責，就國家資源整合提出了四大方針，首先是推動「國家建設總合評估規劃」，自98年度起逐年編列預算，提供各縣市補助經費，並鼓勵鄰近縣市能共同成立區域合作平台，進行議題導向式的跨域合作，近年來北台、中台、雲嘉南、高屏乃至離島區域合作平台陸續成立，啟動縣市間制度化的合作與協調對話平台，整合規劃經區域平台獲致共識的公共建設、産業發展、土地利用及城鄉開發等跨域合作建設與治理方案。
其次，在資源整合的做法是「跨域加值公共建設財務規劃」。因應政府財政困難，公共建設必須以創新靈活的財務策略規劃，結合公共建設與土地整合開發的做法，強化計畫的市場性與財務效益，以達成減輕政府財政負擔、擴大公共建設投資動能的目標。此一創新的公共建設財務操作模式，目前在交通重大建設已逐步推動，無論是桃園航空城、捷運萬大線、民生汐止線、淡海輕軌等，都是以這種創新觀念大幅提高計畫自償率，減少政府支出，使整體規劃得以快速且有效的實踐。
第三，在整合上是設置「中央補助計畫資源整合機制」。過去推動各部門的公共建設時常缺乏地區整體計畫做為發展藍圖，各補助計畫從地方提案乃至中央部會審核時也缺少橫向整合協調，無法發揮公共建設產出整體加乘效果。因此，透過建立中央補助計畫資源整合平台，促成中央跨部會、地方跨局處間橫向與縱向的協調合作，以地區整體建設計畫達成公共建設之空間、時程、預算與部門工作整合，引導中央及地方預算資源循序共同投入地區建設，帶動地方整體發展。
第四項做法是「研訂公共建設綱領，強化國發計畫指導功能，引導資源有效配置」。當前各部會研提公共建設個案計畫，多以「由下而上」、「問題導向」的方式不定時提出，計畫內容過於零散，缺乏整合及整體發展目標，不但不能凸顯部會施政的方向，部會內亦無法排列各項計畫之優先順序。另外，同一性質（次類別）的公共建設計畫因無整體性的規劃方向指引及目標設定，使跨部會、跨類別的計畫無法有效整合，造成資源配置效率不彰。
為落實國發計畫上位政策引導功能，未來將強化研擬國發計畫公共建設綱領，秉持「以整體計畫引導跨域、跨機關分年預算」原則，擬定未來4年公共建設整體規劃方向，作為各部會研擬公共建設計畫的上位指導方針，透過整合性、前瞻性之公共建設發展目標引導跨部會、跨類別資源配置，促進跨域整合，提高建設效益，發揮公共建設計畫帶動發展的功能。
總結來說，政府進行國土規劃包含從地方的「跨區域」合作、中央的「跨部會」合作、到計畫的「跨部門」合作，另再加上「跨時間」、「跨財務」二項，希望藉由這五項跨域的環節緊密扣合，靈活運用跨域合作與資源整合模式推動國家各項主要建設。