法務部指出，司法院大法官釋字第653、681號解釋已認定對矯正機關的處分不服者，應給予司法救濟的機會；多年來，對矯正機關對所為處分有所不服，究應採行政訴訟或刑事訴訟程序救濟，行政法院與刑事法院針對個案常有不同見解。
法務部說，台灣高等法院今天裁定所引釋字第691號解釋僅是針對不予假釋的決定，認為在救濟法令未修訂前由行政法院審理，這號解釋並非指所有不服矯正機關處分均應一律由行政法院審理。
法務部表示，10月28日法務部對於陳水扁保外就醫的個案否決，是參考已送立法院審議的羈押法修正草案，及法務部研修中的監獄行刑法修正草案規定。
這些草案中，已經司法院同意對於矯正機關的處分不服者採刑事訴訟救濟的途徑，因此，才於函文內教示當事人（陳水扁）就不服決定得循刑事訴訟法第484條規定尋求救濟，均是依循相關法院判例及修法見解而為之，並非毫無依據。
法務部說，對於高院刑事庭有不同見解，當事人（陳水扁）自仍得循抗告或這份裁定所指的行政訴訟途徑救濟處理。
有關陳水扁另再提出保外就醫的申請案，法務部已交由矯正署審慎處理中，這份裁定並不影響矯正署對保外就醫一案的審查。
法界人士指出，因不准陳水扁保外就醫的是法務部，後續若扁要循行政訴訟，得先向行政院提起訴願，若遭駁回，可再向台北高等行政法院提告。