媒體報導審計部調查榮民公司委託民營化新公司的19件在建工程，是民國98年10月1日估算，而民營化的基準日是11月1日，差了1個月，而這1個月都是舊公司在做，按理基礎施工成本應該降低，結果有4件工程反而提高，有損公股榮民公司與政府權益。
榮民公司今天對此說明，公司民營化基礎施工成本之估算，是於98年5、6月即開始作業，至98年10月1日，已有約5個月時間差，再加上與民營化基準日為11月1日之1個月時間差，共計約有6個月時間差。
其間或因天候、協力商影響致工案工程進度超前、落後，另業主變更設計追加減、展延工期等因素，使原預估應於98年10月1日前完成之工項、數量，延至98年11月1日後始完成，致與98年10月1日實際之基礎施工成本有所差異，故基準日點交之各工案施工之期間、待施工項目並非全較開始作業時所估算至98年10月1日之數值減少，致基礎施工成本亦並非全應較估算數值減少。榮民公司指出，案列4工案均逐案澄復監察院。
榮民公司並表示，為求審慎，部分工程案例採用兩種不同之方法作基礎成本估算及驗證，並無重複列計之情事。
對「完工至驗收月數」認定不一的問題，榮民公司也說，經與民營化新公司依約多次協議結果，雙方已同意以「實際派駐人月數」來計算調整施工管理費。
另有關媒體報導「增加基礎施工成本1237萬餘元，間接增加施工管理費用106萬餘元」一事，榮民公司說，公司在點交時，仍依原發包之鋼筋單價計算此部分基礎施工成本，並無增加基礎施工成本及間接增加施工管理費用之情事。
榮民公司並說明，「民營化新公司榮工公司」自基準日起負責工地施工管理、包含施工品質、施工技術、施工進度、環安衛管理及分包商/供應商管理等事項。因此，榮民公司供應之材料，相關進貨作業程序、放置場地規劃、管理及損耗，全部需由其負責，所以榮民公司依責任施工契約書規定將供應之材料及損耗列入基礎施工成本。且基礎施工成本之增減，與管理費並無直接連動關係，所以本案並無增加管理費680萬之情事。
有關型鋼材料被搬運事件，榮民公司說明是因民營化初期，隨同移轉至新公司之基層人員對於工地各項財務、材料歸屬認知尚不完全瞭解，且當時保全公司之保全警衛亦對榮民公司民營化完全不清楚之情況下，致發生移轉至新公司之基層工程師因工程需用材料而逕自搬運，後經榮民公司發現後立即追蹤澄清後追回。案經檢調單位查察後，並無任何意圖侵占詐取之情。榮民公司並因此案加強保全警衛放行機制，以避免再度發生上述情事。