國家發展委員會基於對國家總體國家發展規劃的職責，就國家資源整合提出四大方針，包含「國家建設總合評估規劃」、「跨域加值公共建設財務規劃」、「中央補助計畫資源整合機制」及「研訂公共建設綱領，強化國發計畫指導功能，引導資源有效配置」。
國發會國土區域離島發展處官員表示，因應政府財政困難，在資源整合上的做法是「跨域加值公共建設財務規劃」。
官員表示，財務規劃下的18個專案，節省約39%的經費，約撙節1200億元的公帑。像是交通建設中的淡海輕軌、捷運萬大線、民生汐止線、高雄輕軌等，都是提高計畫自償率，減少政府支出，使整體規劃得以快速且有效的實踐。
另外，有地方性的「嘉義阿里山林業村及檜意森活村」、台南雲林「榮家設施環境總體營造」，都是結合公共建設與土地整合開發的做法，強化計畫的市場性與財務效益，達到減輕政府財政負擔。
在「國家建設總合評估規劃」推動下，國發會鼓勵鄰近縣市能共同成立區域合作平台，進行議題導向式的跨域合作，近年來北台、中台、雲嘉南、高屏乃至離島區域合作平台陸續成立，啟動縣市間制度化的合作與協調對話平台，整合規劃跨域合作建設與治理方案。
國發會官員說，整合上設置「中央補助計畫資源整合機制」，各補助計畫從地方提案到中央部會審核時也缺少橫向整合協調，無法發揮公共建設產出整體加乘效果。
官員提到，透過建立中央補助計畫資源整合平台，促成中央跨部會、地方跨局處間橫向與縱向的協調合作，比如內政部的城鄉風貌平台、農委會的農村再生平台、原民部落與原委會的溝通平台，都是中央及地方預算資源共同投入的例子。
第四項做法是正在研擬中的「研訂公共建設綱領，強化國發計畫指導功能，引導資源有效配置」。希望透過整合公共建設綱領，解決計畫內容過於零散、缺乏整合及整體發展目標、無法排列各計畫優先順序的問題，同時整合跨部會、跨類別的計畫。