鄭文燦當選桃園市長後表示，將重新檢討桃園航空城土地徵收計畫。對此，葉匡時指出，鄭文燦既然對徵收哪些土地及徵收範圍都要重新檢討，因此原定期程，包括第三跑道，恐怕都將被迫延後至少半年到1年才能完工，對目前桃園機場旅客增長的速度而言，確實不利。
另外，台北市長當選人柯文哲日前和宜蘭縣長林聰賢會面時，提及希望將現行北宜直鐵繞過翡翠水庫的方案，改為穿越翡翠水庫的直線方案，引發社會爭議。葉匡時也表示，現行方案是經行政院核定的方案，已經發包在做環評及綜合規劃。如果要改變路線，原來所做的可行性研究都要重新修正，加上重新啟動環評及綜合規劃，拖下來，恐怕3、4年跑不掉。問題是3、4年後，萬一市長換人，是不是又有其他想法？
葉匡時坦承，過去幾年執行多項交通建設，都有類似問題，不同首長就有不同意見。台北市當初也為了鐵路到底要地下化還是高架化，吵了20多年；現在鄭文燦又對已經行政院核定的桃園鐵路高架化有異見，因此，交通部只能暫停執行相關計畫。葉匡時說：『(原音)現在我們不可能走下去了，因為如果任何的地方政府不配合的時候，它都市計畫的變更、它的配合款不出來，那當然我們就停。』
不過，原定明年農曆春節前後完工的桃園臨時鐵道及臨時車站，仍將按時通車啟用；已在進行環評及綜合規劃的北宜直鐵，也將按計畫進行到明年3月完成。其他就等地方政府重新提案之後，才有辦法繼續執行。