選舉結果公布當天晚上，行政院長江宜樺、國民黨副主席曾永權、郝龍斌宣布辭職。12月2日，馬英九也宣布辭去黨主席，由副主席吳敦義暫代，期待改選之後新的黨主席能帶領國民黨浴火重生。
接下來，在臺灣政局大幅震盪變動之際，影響臺灣發展的兩岸關係，也成為大家關注的焦點。未來兩岸關係的走向，可能的影響因素主要有臺灣行政部門的角色、中共的對臺政策、民進黨對兩岸關係的立場和態度，以及民共交流的推動等等。
在臺灣行政部門的角色方面，「三一八學運」動員50萬人上街抗議兩岸服貿協議，顯示民意對於兩岸交流可能過快的疑慮，如今民眾再以選票表達心聲，可能迫使行政部門對於未來推動兩岸交流放慢腳步，必須等到《兩岸協議監督條例》通過之後，對於推動兩岸協議才會有更正當的基礎。
其次，中共的對臺政策方面。2008年馬英九總統上任以後，兩岸關係大幅改善，中共對臺政策也能順利推展。這次國民黨的重大挫敗，可看成是中共對臺政策失靈，因此中共可能會重新檢討未來的對臺政策。
民進黨對兩岸關係立場和態度方面，近年來「九二共識」是兩岸談判和互動的基礎，然而臺灣內部對「九二共識」的認知不同，國民黨認為「九二共識」就是「一個中國，各自表述」；民進黨則認為兩岸没有針對「九二共識」簽署文件，因此拒不承認，並且指出兩岸是「一邊一國」，而非「一中各表」。
如果2016年民進黨可能接掌政權，那麼「九二共識」就成為民進黨不可迴避的問題，可能面對的方式包括：其一是為了臺灣的生存和發展，承認「九二共識」；其二是不承認「九二共識」，但是和中共協商新的談判基礎，讓兩岸關係可以和平發展；其三是堅持「一邊一國」，並且不把兩岸關係發展列入施政主軸。
至於在民共交流的推動方面，中共必須面對2016年之後，臺灣執政黨換成民進黨的可能性。因此，一方面中共會開始設法和民進黨相關人士接觸，以了解民進黨未來兩岸政策的內涵。同時，中共可能也會設法預先警示兩岸發展的紅線，做為以後民共交流互動的基礎。
臺灣是民主社會，一切施政以民意為依歸。民進黨應該充份了解兩岸關係對於臺灣發展的重要性，但是為了不讓國民黨壟斷兩岸事務，因此過去對於兩岸服貿、貨貿和監督條例都採取反對的立場，以爭取其選民的認同。但是，一旦取得政權，真正面對執政的時候，如何回應民意，決定適切的兩岸政策，以及能否領導國家繼續發展，則是考驗民進黨的新挑戰。
中共在改善兩岸關係方面，提供了相當多的惠臺措施和資源；在兩岸貿易方面，臺灣每年都能獲取鉅額順差；在對臺灣的掌控方面，中共也投入了不少的人力、物力。然而，從臺灣歷次選舉來看，中國大陸並没有贏得臺灣民眾的認同和支持。原因應該和兩岸核心價值不同，以及中共對臺政策缺乏善意有關。
中共的核心價值是社會主義制度和共產黨的領導，而臺灣的核心價值是民主、人權與法治。中共堅持一黨專政，臺灣則已經是成熟的民主社會，一黨專政和民主社會基本上是不相容的。再者，中共對臺政策是以統一為終極目標，而且拒不承認中華民國的存在，這是造成兩岸敵意不易化解的根源。我們知道中共有所堅持，但堅持不變，最後只會讓兩岸漸行漸遠。(本文於中央廣播電臺臺灣觀點節目播出)