九十七年扁案爆發，同年十一月十一日特偵組在六度約談扁之後，決定聲押扁，隔日北院裁准；隔月十二日特偵組起訴扁四大案，隨即移審法院，中籤的北院法官周占春認定無收押必要，當庭無保釋放，同月廿五日北院將國務機要費「後案併前案」併入吳淑珍國務費案，由吳案審判長蔡守訓接手，十二月卅日重新裁定收押不禁見，此後一、二審期間持續延押，至九十九年十一月十一日移入台北監獄執行定讞的廿年徒刑。
扁入獄議題受到國際關注，美國聯邦參議員穆考斯基一○二年一月十五日抵台與總統馬英九會談時，曾問馬能否「醫療假釋」，當時馬表示台灣沒有「醫療假釋」，不過受刑人在監就醫、戒護外醫或移送病監都無法適當醫治，可保外就醫，但扁不符相關規定。
台北地檢署昨表示，保外就醫不列入刑期，且會定期管考評鑑，如經醫療院所評估症狀已痊癒，不須繼續就醫，受刑人就得回監繼續服完殘刑，過去公眾人物保外就醫後，鮮少有人回籠服剩餘刑期案例。
針對扁可能保外就醫，再生受刑人服務中心社長董念台昨請願，要求勿放扁，否則發動全台受刑人集體鬧房，法務部長羅瑩雪說，法部一定會照公平的標準處理，如其他受刑人提出相同證據資料，也會處理。