國民黨在這次縣市長選舉慘敗，黨主席馬英九3日下午在中常會中正式請辭並發表談話。他表示，感謝所有選民在這場民主選舉的表現，每張選票都代表人民對台灣這塊土地的愛，選舉結果也提醒國民黨掌握權力就必須謙卑傾聽。
馬英九表示，國民黨在這場選舉遭遇前所未有的挫敗，讓國民黨知道改革的腳步還不能符合人民的期待，也許他做得不夠好，但他從來不是為了個人，而是為了國民黨、國家與人民，為了讓台灣更好。對於敗選結果，他有負於創黨的先賢先烈，必須向所有支持者道歉，也很慚愧讓大家失望。馬英九說，他必須深切地反躬自省，並為敗選負起最大的責任，因此他宣布辭去黨主席。馬英九並深深鞠躬10秒鐘，向所有支持者道歉。
馬英九說，雖然他不再是黨主席，但他來自國民黨家庭，入黨也已46年，深受黨的栽培，對黨的忠誠、對國家的熱愛永遠都不會改變。
馬英九表示，國民黨的先賢先烈曾遭遇艱難百倍的險境卻從未被打倒，他呼籲全體黨員記住人民對國民黨最嚴厲鞭策的時刻，記取這次慘痛的教訓。他並強調國民黨沒有懷憂喪志的本錢，希望能儘速完成黨主席補選，帶領國民黨重新振作，讓人民再給國民黨一次機會。他說：『(原音)面對艱鉅的未來，我們已經沒有懷憂喪志、自亂陣腳的本錢，希望代理主席能夠儘速完成黨主席的遞補、補選，也希望新任主席能帶領所有黨員合作團結、重新振作，讓人民願意再給國民黨一次機會。』
馬英九說，總理紀念歌中有段歌詞，他每次唱到這段都會有深刻的感動，就是「莫散了團體，休灰了志氣，大家要互相勉勵」。他強調，只要中華民國存在，中國國民黨就會為了這個國家的未來無怨無悔、奮鬥到底。