內閣總辭後，經濟部長杜紫軍就表示他不會留任，隨即請假2天。杜紫軍3日上午親自主持經濟部旱災災害緊急應變小組工作會議，他在會前受訪表示，目前雖是看守內閣，但乾旱問題非常重要，一定要現在就確認將來的應變步驟，不能放任不管。對於再度被問到是否會留任，杜紫軍則表示「上次已經講過了」。
杜紫軍說，今年的乾旱是近幾年罕見，經濟部希望透過各種可能的節水措施節約用水，且不排除讓明年第一期稻作停灌、休耕，在農曆年前得以維持民生用水。經濟部也希望在明年5月底之前，大部分地區不要進入分區輪流或全區定時供水的「三階限水」。他說：『(原音)我們希望透過各種可能的節水措施，包括不排除未來對於明年第一期稻作的停灌休耕，能盡量讓民生用水能夠維持。短期目標在明年農曆年前可以維持民生用水，在明年5月底以前，除了少數地區，盡量不要進入第三期分區供水的限水，這是我們努力的目標。』
杜紫軍還特別提到高雄地區水量堪憂，因為沒有大型水庫，只能靠川流水。他連用3個「非常」，強調水量極度不理想。為解決高雄的缺水問題，經濟部除了會在應變小組工作會議中特別討論外，也會讓水利署長楊偉甫到高雄和市政府討論對策。