為扛九合一敗選，行政院周一上午開臨時院會內閣總辭，交通部長葉匡時受訪時表示，會跟江宜樺同進退，但現在傳出外傳閣揆將由行政院副院長毛治國接任，據透露，葉匡時留任有望。
媒體在內閣總辭當天詢問若有機會是否願留任，葉匡時說，原則上不考慮，因為他推動最重要的高鐵財務改善方案及桃園航空城，看來都已沒機會，很難具體推動，不如離開。「該離開就離開，他將與江宜樺同進退」。
葉匡時是在2013年2月18日就任交通部長，任內改善阿里山公路、中華電信降費、五楊高架全線通車、年來台遊客突破八百萬人次等。而引發抨擊的國道電子收費系統，也是在其任內上路。
今年9月爆發餿油事件，葉匡時一席台灣社會太喜歡貪便宜的言論，也引發議論。另外，國道收費員自救會也因不滿安置等後續問題頻頻將矛頭指向葉匡時。至於離開後的下一步，葉匡時說，將回校任教。
但現在傳出閣揆可能由毛治國接任，有立委私下透露，以毛治國跟葉匡時的關係來看，若毛接行政院長，葉留任的機率就很高，「葉自己把話講那麼死，實在是…自己打自己的臉！」