柯文哲在勝選當晚就開會討論副市長人選，敲定由新北市環保局前局長鄧家基出任。柯文哲1日上午受訪時公布第二波人事名單，將延攬台南市前副市長林欽榮擔任他的另一個副手。
林欽榮曾擔任營建署長、台北市都發局長、台南市副市長。柯文哲說，在這次台北市長選舉中，發現年輕人非常不滿居住正義，因此，林欽榮未來將兼任工務局、捷運局和都發局的遴選委員，透過「一條鞭」政策，解決台北市的居住問題。他說：『(原音)居住正義是這次台北市選舉當中，我發現特別是年輕人很憤怒的項目，所以就用一條鞭政策，我們選一個副市長，而且他本身兼工務局、兼捷運局、再兼都發局的評選委員，就一條鞭，將來台北市的公辦都更跟只租不賣的5萬戶住宅，我們真的要用最大力氣去推動。』
除了副市長外，柯文哲也公布衛生局長選定台大醫院前副院長黃世傑，體育局長則由前體委會主委楊忠和擔任。柯文哲說，黃世傑曾當過署立台北醫院院長、台大醫院副院長，決斷快速，加上剛好退休、也有意願，因此決定延攬。他已交待黃世傑將食安問題列為第一要務，黃世傑應會開始著手提出台北市食安改革方案。
至於體育局長，柯文哲找來前體委會主委楊忠和擔任。柯文哲說，會選擇楊忠和主要是他的「公民顧問團」總團長紀政推薦，加上楊忠和曾辦過高雄世運，也當過體委會主委，又長期住在美國，英語相當流利，有助於台北市舉辦2017世大運。